Prima di tutto dobbiamo chiarire un punto: RunOnce e RunOnceEX sono due cose diverse.

Una breve, ma esaustiva, descrizione delle differenze la potete leggere di seguito...

Concettualmente fanno la stessa cosa, ma la differenza è come (e chi) viene fatta. Entrambe le modalità settano delle chiavi di registro che indicano le operazioni da fare (e che una volta svolto il compito vengono eliminate), ma nel caso del RunOnce ad occuparsi materialmente dell'esecuzione è il FBA (First Boot Agent), mentre per il RunOnceEx se ne occupa direttamente Explorer.exe. Questo significa quindi che il RunOnceEx è gestito dal sistema fatto e finito, e in rarissimi casi questo è necessario (ad esempio per la necessità di memorizzare dei dati in un profile completo).
A livello di presentazione il RunOnceEx propone una finestra più "elegante" perché consente, se ben impostata, di controllare cosa sta accandendo (ma va a gusti, alcune persone non vogliono vedere niente di niente, mentre io preferisco avere una barra di progresso o simili, giusto per non avere la sensazione di impallato, anche se poi mica guardo).
Un altro indubbio vantaggio del RunOnceEx è a livello prestazionale, in quanto è gestito tutto da un singolo processo che "manda avanti la baracca", e potenzialmente è possibile impostarlo per svolgere le operazione in un ordine prestabilito.

Domanda curiosa: RunOnceEx vuol dire RunOnce Extended.

(cit. okram98pive: http://www.hwupgrade.it/forum/showpost.php?p=25789541&postcount=10011)

Fatta questa (doverosa) premessa, passiamo a spiegare come si utilizza il RunOnce con nLite.

Supponiamo di voler installare VLC Media Player al primo avvio di Windows.

Dopo aver copiato il contenuto del vostro CD di Windows in una cartella, create all'interno di questa un'altra cartella (dal nome che preferite) ed all'interno di quest'ultima inserite l'installer di VLC Media Player (vlc-0.9.9-win32.exe). 

in questo esempio abbiamo utilizzato come nome per la cartella "Files_RunOnce" ed all'interno di questa si è posizionato l'installer di VLC Media Player (vlc-0.9.9-win32.exe).

Ora bisogna scrivere l'esatta sintassi del comando che vogliamo sia eseguita al primo avvio.

Il primo passo è indicare dov'è posizionato il file che vogliamo eseguire, nel nostro caso si trova nella cartella "Files_RunOnce", quindi...

%SOURCE%Files_RunOnce

a tal proposito, si evidenzia come, anche in questo caso, la guida di nLite ci da ulteriori informazioni nel caso volessi eseguire dei file che non sono sul CD ma in altri punti di Windows... 

Il secondo passo è inserire il nome dei file che si vuole eseguire ed i relativi comandi silenziosi.
Nel nostro esempio, sappiamo che il comando silent per VLC è "/S", quindi, nel campo "Comando da agggiungere" scriveremo

%SOURCE%Files_RunOnce\vlc-0.9.9-win32.exe /S

e premeremo sul pulsante "Aggiungi".

A questo punto potrete andare avanti con la procedura di nLite e creare la vostra ISO avviabile.

Nota Bene: nel caso dei files "Autoinstallanti", presenti nella sezione "Download" di questo sito, non c'è bisogno di alcun parametro di installazione silenziosa.